Nasceu a 24 de Agosto de 1963 em Tókio, Japão, e teve uma infância um bocado atribulada tendo a sua família de se mudar de cidade várias vezes, tendo sido a primeira quando tinha apenas 3 anos de idade. Aos 13 anos, faleceu o seu pai, deixando a familia Kojima com dificuldades financeiras sendo que ficou sozinho com a sua mãe, que trabalhava harduamente para poder sobreviver e dar um futuro ao seu filho fazendo com que Hideo tivesse de aprender muito cedo a tomar conta de si e assumisse responsabilidades grandes.
Hideo Kojima queria ser artista ou ilustrador, mas este tipo de profissão era muito relativo no que tocava a parte financeira e logo foi desencorajado pelas normas sociais japonesas que não valorizavam tanto a arte como um trabalho. Junta-se então a um amigo, que tinha uma câmara de filmar de 8mm, e começam a fazer pequenos filmes, o que lhe despertou outra paixão, o cinema.Estudou economia na universidade e logo se apercebeu de que a sua verdadeira paixão eram os videojogos, quando deu por si a jogar Famicom (Nintendo) nos tempos livres dos seus estudos mas, volta a ser desencorajado desta vez pelos seus colegas visto a indústria dos jogos não ser notável nem muito valorizada socialmente. Hideo Kojima persiste na sua ideia tendo como inspiração o jogo Super Mario Bros.(1985) e Portopia Serial Murder Case(1983) e imprescindivelmente o apoio da sua mãe, entrando assim na indústria dos videojogos.
Em 1986, entra para a Konami como designer de jogos, o primeiro projeto em que trabalhou foi o Pinguin Adventure, como Diretor-assistente e, desenvolveu o jogo Lost World, cancelado pela Konami ainda em 1986.
Em 1987, é Diretor, Produtor, Roteirista e Designer da série Metal Gear e desde então concebeu mais jogos conceituados como Castlevania: Lords of Shadow(Produtor-executivo), Silent Hill(Diretor e Produtor), sendo o atual Silent Hill para PS4 cancelado pela Konami.
Em 2015, Hideo Kojima é impedido de comparecer na cerimónia The Game Awards (Metal Gear Solid V: The Phantom Pain - Melhor jogo de Ação/Aventura; Melhor Banda Sonora Original) por um advogado recentemente contratado pela Konami, aparentemente por questões de negócio internas que, ao que parece, tem a ver com os orçamentos altos dos jogos tendo o MGS5 custado mais de 80 milhões e, ao que parece, a Konami irá se dedicar aos jogos "mobile", tendo custos de produção significativamente mais baixos.
Apesar de tudo, Hideo Kojima permanece na indústria dos jogos e reserva surpresas agradáveis para todos os seus fãs, mas desta vez, sem a parceria da empresa que o empregou nos últimos 30 anos, a Konami.
